Die Auswertung der Beispiele beginnt mit dem Setzen von Annahmen bezüglich des Verfahrensablaufes.
So muß bestimmt werden, innerhalb welcher Umgebung Relevanz-/ Toleranzwerte als gleich gelten. Dies ist erforderlich, weil nacheinander erzeugte Toleranzhypothesen in geringem Umfang zufällig schwanken. Die Amplitude der Unterschiede läßt sich als Maß für den Fortschritt der Auswertung instrumentalisieren. Zugleich aber verhindern die geringen Unterschiede, daß Kontrollanalysen übereinstimmende Ergebnisse liefern. Ohne einen Schwankungsbereich bliebe die Bestätigung vorausgegangener Berechnungen durch Kontrollrechnungen versagt. Das Setzen einer großen Umgebung läßt das Einschwingen im FACTORFINDER-Verfahren früh abbrechen, bei einer kleinen Umgebung wird das Verfahren durch weitere Tests länger fortgesetzt.
Ebenso ist ein Schwellenwert festzulegen, der bestimmt, nach welcher Mindestanzahl bestätigender Tests eine Bewertung als ausreichend fundiert gilt. Das geschieht in Form von Schwellenwerten für die Zählwerte der Zählermatrix, die im Zusammenhang mit der Obergrenze der Zählwerte gesehen werden muß. Auch die Obergrenze der Zählwerte muß im Voraus festgelegt werden. Je größer die Mindestzahl der Bestätigungen von Toleranzhypthesen ist, desto verläßlicher werden die Ergebnisse der Analyse. Bei hohen Schwellenwerten besteht allerdings der Nachteil des großen Verarbeitungsaufwandes und das Risiko, daß überhaupt kein Ergebnis geliefert wird.
Als nächstes muß über die Lernregel entschieden werden, auf welche Weise die Ergebnisse der Tests von Toleranzhypothesen auf die Wahl künftiger Toleranzhypothesen Einfluß nehmen. Dazu werden die Zählwerte, die ja die Angemessenheit der Toleranzhypothesen repräsentieren, in ihrer Größe manipuliert. Vor Beginn der Auswertung muß der Einfluß festgelegt werden, den eine Bestätigung von Toleranzhypothesen auf die Zählermatrix nehmen soll und wie Toleranzhypothesen, zu denen kein subkritisch abweichendes (akzeptables) Referenzbeispiel existiert, wirken.
Schließlich gehört zu den Voreinstellungen die Festlegung der Zahl der Teilintervalle zu jedem Merkmal. Mit dieser Setzung ist die Gestalt der Zählermatrix vorbestimmt.