Eingangs jeder Prüfung des zuvor erzeugten Toleranz-Testvektors wird der Speicher geleert, der anschließend das Ergebnis der Prüfung aufnimmt. Kandidat und Testvektor, die beide im Zusammenhang geprüft werden, stellt das FACTORFINDER-Verfahren den Referenzbeispielen gegenüber. Es zeigt sich, ob der Toleranz-Testvektor durch mindestens ein Referenzbeispiel als plausibel bestätigt wird. Ein beliebiges Erfolgsbeispiel wird als erstes Referenzbeispiel ausgewählt. Es muß das Zielkriterium erfüllen, da von Negativbeispielen nur schwache Bestätigungen von Toleranzhypothesen zu erwarten sind. Alle Faktoren, in denen sich Kandidat und Referenzbeispiel unterscheiden, stehen im Mittelpunkt der weiteren Auswertung.
Die Toleranzhypothesen zu den unterschiedlich ausgeprägten Faktoren werden addiert. Eine Summe der Toleranzwerte über 1.0 läßt Testvektoren im Lichte des aktuellen Referenzbeispieles unplausibel erscheinen. Es muß das nächste Positivbeispiel als Referenz ausgewählt werden. Wenn dort die Summe der Toleranzhypothesen zu den differenzierenden Merkmalen unter 1.0 bleibt, so bestätigt das aktuelle Referenzbeispiel die Toleranzhypothesen in den jeweils differenzierenden Faktoren.
Nur in ganz seltenen Fällen bestätigt gleich das erste Referenzbeispiel einen Testvektor bezüglich aller Merkmale. Das ist der Fall, wenn sich das erste Referenzbeispiel in allen Dimensionen vom Kandidaten unterscheidet und die Summe der Toleranzhypothesen zu allen Merkmalen unter 1.0 liegt. Normalerweise wird aufgezeichnet, welche Bestandteile des Testvektors mit dem ersten Referenzbeispiel bestätigt wurden. Danach muß das nächste Referenzbeispiel herangezogen werden. Dies wird fortgeführt, bis alle Referenzbeispiele der Beispielbasis überprüft wurden. Als Ergebnis entsteht eine Liste aller Merkmale, die anhand des Testvektors und der Referenzbeispiele plausibel erscheinen.
Der Testvektor wird im Vergleich von Kandidat und Referenzbeispielen getestet. Das Ergebnis dieser Prüfung dient der Verbesserung der Zählermatrix. Nach einer Vielzahl von Anpassungen entsteht zu jedem Kandidaten eine Zählermatrix, die den Zusammenhang zwischen Kandidaten, Referenzbeispielen und Zielkriterium widerspiegelt.
Die Tests der Toleranzhypothesen setzen bei den unterschiedlichen und nicht bei den übereinstimmenden Dimensionen an. Es wäre sinnvoll, aus den übereinstimmenden Merkmalen auf die Wichtigkeit zu schließen, wenn alle Dimensionen wenig wichtig wären und daher schon wenige zielfördernde Ausprägungen zur Akzeptanz einer Alternative reichen. Viele Beispiele würden den Schwellenwert übertreffen, obwohl sie überwiegend zielhemmend ausgeprägt sind. Solange Faktoren analysiert werden, bei denen eine große Wichtigkeit erwartet wird, ist es aussichtsreicher, die Folgerungen auf die abweichenden Analysedimensionen zu stützen.
Die Vergleiche von Kandidaten und Referenzbeispielen erlauben Aussagen über die Plausibiltät des Testvektors. Eine Toleranzhypothese ist plausibel, wenn zu einem Kandidat mindestens ein Referenzbeispiel existiert, das wie der Kandidat ein Erfolgsbeispiel ist und zu dem die Summe der Toleranzwerte der unterscheidenden Faktoren unter 1 liegt. Das läßt sich, kurz gefaßt, damit begründen, daß von einer vollständigen Auflistung aller erfolgreichen Varianten in der Beispielbasis ausgegangen werden muß (weil sonst Rückschlüsse auf die Tolerierbarkeit zielhemmender Ausprägungen nicht möglich sind). Wenn keine Erfolgsbeispiele in der Aufzeichnung ausgelassen wurden, dann existiert zu jedem Erfolgsbeispiel ein weiteres, das subkritisch abweicht. In wichtigen Dimensionen weichen vom Kandidaten nur wenige Referenzbeispiele ab, denn eines der Beispiele (entweder der Kandidat oder das Referenzbeispiel) muß zielhemmend ausgeprägt sein. Zudem weichen in diesen Beispielen nur noch wenige andere Dimensionen ab.