Die Zählwerte repräsentieren die Bestätigung bestimmter Toleranzoptionen anhand der verfügbaren Beispiele. Immer werden ganz niedrige Toleranzoptionen bestätigt, oft mittlere und selten Werte nahe 1.0. Eine Präzisierung der Begriffe "oft" und "selten" geschieht mit Hilfe der Zählwerte, die damit eine Eigenschaft der Toleranzoptionen ausdrücken.
Aus Zählermatrizen läßt sich ein Zwischenergebnis ablesen. Ein geringer Anteil von großen Zählwerten bei hohen Toleranzwerten deutet auf eine wichtige Dimension hin. Wenn sowohl hohe als auch niedrige Toleranzoptionen große Zählwerte aufweisen, dann spricht dies für eine unwichtige Dimension.
Da alle Toleranzoptionen zunächst gleichermaßen plausibel sind, initialisiert das FACTORFINDER-Verfahren die Zählermatrix bei jedem neuen Kandidaten mit dem Zählerwert 1 bei jeder Toleranzoption.