Anpassungszyklen
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Das FACTORFINDER-Verfahren verändert die Zählermatrix in immer wiederkehrenden Schritten:

Ein
Anpassungszyklus setzt sich aus dem

1. Erzeugen eines Toleranz-Testvektors und der  
2. Plausibilitätsprüfung des Testvektors mit Kandidat und Referenzbeispielen sowie der  
3. Veränderung der Zählwerte in Abhängigkeit vom Ergebnis der Plausibilitätsprüfung  
 
zusammen.

Die Zählermatrix erhält ihre Gestalt durch wechselnde Faktorkombinationen, in denen sich der Kandidat von den Referenzbeispielen unterscheidet. Die Toleranz, die aus einem Vergleichspaar ermittelt wurde, wird auch für die anderen Paare als gültig angesehen. Dies ermöglicht die Überlagerung der Testergebnisse unterschiedlichster Toleranzhypothesen. Würde das Attribut Toleranz für jedes Referenzbeispiel gesondert bestehen, so ließen sich keine Toleranzhypothesen von einem Beispiel auf das andere übertragen und die Informationen der Zählermatrix wären wertlos.
Wie weit sich ein Kandidat vom Ideal unterscheidet, läßt sich aus einem einzigen Vergleichspaar allein noch nicht schließen. Erst wenn mehrere erfolgreiche Referenzbeispiele zu demselben Ideal subkritische Unterschiede aufweisen, lassen sich innerhalb des Verfahrens Folgerungen ziehen. Da die idealen Ausprägungen nie mit Gewißheit bekannt sind, dienen ersatzweise die anderen Alternativen als Referenz. Insgesamt gewinnt der Anwender des FACTORFINDER-Verfahrens einen Überblick darüber, welche Faktoren wichtig sind. Aus der Lage der Alternativen zueinander ergeben sich Folgerungen zur Relevanz der Faktoren. Sie beschreiben Tendenzen, die zum Verständnis des Analyseobjektes beitragen.
Ein Kandidat, der kurz vor dem Scheitern steht und gerade noch akzeptabel ist, läßt alle Faktoren kritischer erscheinen als ein Erfolgsbeispiel, dessen Ausprägungen alle zielfördernd sind. So ergeben sich aus der Sicht der verschiedenen Beispiele unterschiedliche Einschätzungen der Toleranz. Die Auswertung zeigt, wie tolerabel die Ausprägungen der einzelnen Merkmale des Kandidaten sind.