Das FACTORFINDER-Verfahren bestimmt nacheinander jedes Erfolgsbeispiel zum Ausgangspunkt für Vergleiche mit den anderen akzeptablen Beispielen. Dabei wird ermittelt, wie tolerabel die Nichterfüllung bestimmter Ausprägungen der Faktoren im Lichte der restlichen Erfolgsbeispiele erscheint. Dieses Ermitteln der Toleranz findet mehrfach zyklisch statt: Zu jedem Positivbeispiel entsteht eine Einschätzung der Tolerierbarkeit zielhemmender Ausprägungen aller Faktoren (der "Zwischenergebnisvektor"), die schließlich zu einer einzigen Relevanzhypothese zusammengefaßt wird.
Der Verrechung und Speicherung konkurrierender Toleranzhypothesen dienen Zählwerte. Diese drücken aus, wie stark eine Relevanz-/Toleranzeinschätzung anhand der verfügbaren Beispiele gestützt wird. Die Zählwerte aller Toleranzoptionen aller Merkmale ergeben insgesamt eine Matrix der Zählwerte, die Zählermatrix. Das FACTORFINDER-Verfahren entwickelt zu jedem Kandidaten eine charakteristische Verteilung der Zählwerte. Für diese charakteristische Verteilung ist der Zwischenergebnisvektor eine Kenngröße. Und daher muß die Zählermatrix vor jeder Auswertung eines neuen Kandidaten in eine Anfangsstellung gebracht werden.
Bei sehr wichtigen Faktoren erscheinen zielhemmende Ausprägungen wenig tolerabel. Nur niedrige Werte werden bei Toleranzhypothesen Bestätigung finden. Wenig wichtige Dimensionen lassen dagegen sehr hohe Werte als Toleranzhypothese zu. Sie gestatten dabei hohe und niedrige Toleranzhypothesen: Niedrige Werte erscheinen in paarweisen Vergleichen immer möglich weil weniger kritisch. Daher müssen wiederholt eine Reihe von Toleranzhypothesen durchgespielt werden, um die höchstmögliche Toleranz herauszufinden.
Die Zwischenergebnisvektoren weisen auf die Beispiele, deren Ausprägungen zielfördend sind und die damit als Ideal angesehen werden können. Zudem läßt sich aus den Zwischenergebnisvektoren der Relevanzvektor errechnen.
Das Erstellen der Beispielbasis und das Setzen der Verfahrensannahmen sind vorbereitende Schritte. Das eigentliche Ermitteln der Relevanz besteht aus zwei ineinander gekapselten Schleifen: Die äußere Schleife setzt nacheinander bei jedem Erfolgsbeispiel an und erzeugt dazu jeweils ein dieses Beispiel charakterisierendes Zwischenergebnis. Um zu dem Zwischenergebnis zu gelangen, erzeugt die innere Schleife eine Vielzahl von Testvektoren.
Sobald die äußere Schleife jedes Erfolgsbeispiel durchlaufen hat, werden alle Zwischenergebnisvektoren ausgewertet. Aus den Zwischenergebnisvektoren lassen sich direkt die idealen Varianten ablesen. Als Ergebnis einer Mittelwertbildung entsteht der Relevanzvektor. Aus der Kenntnis der idealen Varianten und des Relevanzvektors heraus wird möglich, alle Beispiele auf die Plausibilität ihrer Zielerreichung zu prüfen und zugleich das Analyseergebnis einer Gültigkeitskontrolle zu unterziehen.